El aceite vegetal suele ser confundido con el biodiesel, lo cual es tan absurdo como confundir diesel con el petróleo puro. El RME o biodiesel es fabricado partiendo del aceite vegetal así como de grasas animales y aceites vegetales usados, añadadiéndose 10% de alcohol metílico fósil entre otras sustancias más, por ejemplo catalizadores. Por ende no se pueden comparar en lo más mínimo las características químicas del aceite vegetal puro y del biodiesel.

Desventajas del biodiesel frente al aceite vegetal:

• el consumo aumenta en un 8% como promedio; la potencia baja en una misma proporción
• es altamente agresivo y corroe conductos y juntas
• es higroscópico (absorción de agua -> corrosión de los  sensibles mecanismos de precisión)
• no apto para la fabricación descentralizada
• hace uso del dinero proveniente de los impuestos
• es tóxico y dañino para el agua
• en su producción se manipulan sustancias químicas peligrosas
• tiene un balance energético-ecológico peor que el del aceite vegetal, diluye el aceite del motor -> intervalos de cambio de aceite más cortos
• impide el cambio rumbo a la técnica en el ciclo de la naturaleza
• es un intento de la industria del petróleo mineral para colocarse en el sector de los biocombustibles
• se degrada lentamente
• a la larga se debe encontrar un aprovechamiento para la glicerina producida

Todas estas desventajas no se dan cuando se emplea aceite vegetal.